Il Museo presenta la documentazione geologica, archeologica e naturalistica proveniente dal territorio di Bolsena.
Allingresso del museo domina un grande sarcofago a vasca in marmo greco decorato con scene del culto di Bacco.
Nel secondo atrio è collocato il Lapidarium con epigrafi romane.
Nella sezione geologica si trovano diversi campioni di rocce, tra cui una grande bomba vulcanica.
Letà dei metalli è testimoniata da reperti delletà del bronzo e del ferro, provenienti dai fondali lacustri.
Alcuni corredi funerari appartengono alla civiltà etrusca; alcune ceramiche, lucerne e terrecotte architettoniche testimoniano la presenza della civiltà romana, come per esempio il celebre Trono delle Pantere, dedicato al culto di Bacco.
Nella sezione medievale sono ancora visibili i resti delle antiche fortificazione della cittadina accanto ad unampia esposizione di ceramiche rinvenute nei butti della Rocca. Infine, una sezione naturalistica è dedicata alla vita che si svolge dentro e sulle rive del lago volsiniese.